原作との変更点(追加要素を除く)
※エメラルドしかやっていないので間違いあるかも
- 時計を合わせる操作がない、時計の前に行く必要はある
- トウカの森でがくしゅうそうち(XY仕様)
- (エメラルドにあった)カナズミのハルカ戦がない
- ムロの流行語が道具名+何かの選択肢になった
- ジムの仕掛けがほぼ変更
- テレビのインタビューが自由入力になった
- きのみブレンダーのミニゲーム廃止？きのみを1人で4つ入れて勝手に出てくる(黒・金はどうなったのか不明)
- ポロックのレベルが数値ではなく「すごい」のような言葉になった
- なめらかさ・けづやのパラメータ廃止？全コンディション最大までいけるかも
- カイナのコンテストライブで全ランク挑戦可能になった？
- キンセツの構造が完全に変化、「廃人ロード通り抜け不可」
- キンセツゲームコーナー閉店
- テッセンの技マシンが変更(ボルトチェンジ)
- マリとダイのインタビューが自由入力になった(6文字)
- 一部道路でハルカによる回復が入る？
- 火山灰の集め方が変更、山盛りになっているところを踏むと増える、増加量はランダムっぽい
- ビードロの機能が復活！！！
-- 黒いビードロ・白いビードロの機能が変更
- りゅうせいのたきにハルカとタッグの悪の組織戦(追加？)
- りゅうせいのたき -> ハジツゲ、フエン -> トウカのような長距離移動をハルカやミツルが一瞬でやってくれる
- センリの技マシンが変更(かたきうち)
- 深い草むらを自転車で突破可能
- ナギの技マシンが変更(はねやすめ)
- すてられぶねがシーキンセツに差し替え、中身はほぼ互換
- たんちきをクスノキに渡したときのお礼がうみなりのすず(ASの場合？ORでは違うかも)に変更
- 120番道路の木の実がランダムになった？(原作ではIDで固定されていた)
- ミナモデパートのハルカが大幅強化、最終進化もガンガン使ってくる
- アオギリが持って行ったのが「あいいろのたま」になっている、原作では「べにいろのたま」を間違えて持って行ったはず
-- 上記の結果、自分がもらうのは「べにいろのたま」
- モンスターボール以外のボールを10個買ってもプレミアボールがつく
- ルネのイベント後、全国図鑑入手可能、野生の分布が変更？(殿堂入り後にイベントを拾ったので時期にずれあるかも)
- チャンピオンロードのトレーナーが総じて変更っぽい
- 四天王の勝利BGMが通常のジムリーダーと同じ曲に変更
- 初回エンディング後、ハルカ戦が入る。手持ちは殿堂入り直後からそのまま回復ありのAZ方式。
要審議
- 「クスノキかんちょう」が漢字だと「クスノキ館長」になっている
　(博物館の館長と潜水艦の艦長をかけたダブルミーニングじゃなかったのか？)

メガストーン(AS)
- 117番道路の花畑の先でクチートナイト
- カナシダトンネル開通でボスゴドラナイト
- シダケの左下にいる女の子に話しかけて看板のところにいるキノココを見つけると「すごそうないし」入手(見た目メガストーンに見える)
- ラティアスが加入時にラティアスナイト所持
- ヒワマキから先、デボンスコープと同時にジュカインナイト(初期ポケモン依存)入手
- おくりび山内部にチャーレムナイト
- ミシロにミュウツナイトX (どのタイミングで発生したか不明)
- 127ばん水道にヘラクロスナイト
- サイユウのリーグ入口にミュウツナイトY
- きのみ名人の家の裏の畑にユキノオナイト
- クリア後イベント中にアクア団アジトでサメハダナイト
- キナギポケセン横にガルーラナイト
- バトルリゾート初回到着時にバクーダナイト
- バトルリゾート島裏側の家でゲンガナイト
- エピソードデルタ終了後に流星の滝でボーマンダナイト
- あさせのどうくつ かいがらのすず初回作成時にヤドランナイト
- 母親からラティオスナイト(デルタ完了、2回目のでんどういり後に入手したがどのタイミングで解禁だったか不明)
- シダケのミチルの家でサーナイトナイト(カイオーガイベント後ならフラグ立ってるかも)
- バトルリゾート右側の家にいるハンサムからタブンネナイト
- シーキンセツ倉庫にスピアナイト
- キンセツ2Fで家賃取り立ての人からミミロップナイト
- ニューキンセツ内部でデンリュウナイト
- タイドリップ号甲板にカメックスナイト
- デコボコさんどうにバンギラスナイト
- フエンの砂のところにヘルガナイト
- 119番道路にフシギバナイト
- ひみつきちプラチナフラッグ入手で○○○○○ナイト
- コンテストでルチア&チルルに初勝利でルカリオナイト
- 123番道路の小屋のポチエナからギャラドスナイト

ストーリー中追加イベント
- センリを倒した後、キンセツの右から118番道路になみのりで移動するとダイゴと遭遇、ラティオスに乗ってみなみのことうへ飛ぶ
-- 奥に進むとダイゴと組んでウシオ・したっぱ戦
-- ラティアスが戦闘無しで加入 Lv30
-- メガバングルを入手

エンディング後
- 続きから始めるとそのまま追加ストーリーに突入
-- 家から出るとヒガナと会話
-- ハルカの家に行ってイベント進行
-- ミツルの家の前でウシオと戦闘
-- デボンコーポレーションへ移動、社長の話を聞く
-- 石の洞窟へ移動、壁画の部屋でヒガナと戦闘、いんせきのかけらを入手
-- トクサネ宇宙センターに移動、イベント
-- 流星の滝へ移動、最奥部でダイゴと会話 (要なみのり・たきのぼり)
-- デボンコーポレーションに移動、アクア団したっぱと戦闘 x3
-- トクサネ宇宙センターへ移動、五つ子と対戦、2Fでウシオ・したっぱ戦(ダイゴとタッグ)
-- アクア団アジトへ移動、アオギリの部屋でイベント、サメハダナイトを入手
-- トクサネ宇宙センターに移動、2Fでイベント
-- 目覚めのほこらへ移動、ミクリと会話
-- そらのはしらへ移動、ミクリ戦(エメラルドのチャンピオン版の手持ち)
-- 内部でヒガナと会話イベント
-- そらのはしら頂上でレックウザ(Lv70)と戦闘(捕獲までループらしい)　試し打ちの開幕モンスターボール一発で捕まったので被捕獲度あがってるかも？
-- ヒガナ戦、先頭は強制でレックウザに変更、メガシンカ可能
-- そのまま連戦でデオキシス(Lv80)戦 (倒しちゃったけどこれ大丈夫か・・・)
--- イベント終了後、宇宙センターで131番水道のどこかに居ると教えてもらえる
--- でんどういりでそらのはしら頂上に復活
-- エンディング
-- エピソードデルタ終了後、流星の滝でボーマンダナイトをもらえる
--- ガリョウテンセイの再習得もここ
--- 過去作持ち込みのレックウザにも覚えさせられる
- 家から出るとオダマキが例によって追われている、ジョウト御三家のうちどれか一匹をもらえる
- バトルリゾートへ行けるようになる
-- バトルハウスのみ。まだまだエメラルド/PtHGSSは手放せないね！
-- 右に行くとハンサムイベント？
-- 島上部の右側からいける家で模様替えグッズ「レベルブレイカー」
- 強化四天王+ダイゴを倒すとメタグロスナイト
-- 二週目でもエンディングは変更なし、何度でも楽しめていい感じ
- 家から出るとオダマキが例によって追われている、イッシュ御三家のうちどれか一匹をもらえる
- 三度目のエンディングの後家からでるとオダマキが例によって追われている、シンオウ御三家のうちどれか一匹をもらえる

バトルハウスのパートナー
今回はフレンドはないっぽい
- ハルカ ネンドール/バクオング
- ミツル ジバコイル/エルレイド
- アオギリ クロバット/サメハダー
- ダイゴ　プテラ/メタグロス

バトルリゾート左側・技教え
右端から順に
- いやしのすず/おいかぜ/マジックルーム/ワンダールーム/ステルスロック/じゅうりょく/エレキネット (8BP)
  こごえるかぜ (12BP)
- とおせんぼう/スキルスワップ/こうごうせい/なりきり/いたみわけ/いえき/なやみのたね/うらみ/おさきにどうぞ/てだすけ/トリック
  リサイクル/よこどり/マジックコート/でんじふゆう/てっぺき (全て8BP)
- さわぐ/アイアンテール/とびはねる/ドリルライナー/アイアンヘッド/しねんのずつき (8BP)
  アクアテール/りゅうのはどう/タネばくだん/ねっぷう/とっておき/ハイパーボイス/イカサマ/だいちのちから(12BP)
  げきりん/ばかぢから/ダストシュート/ゴッドバード/きあいパンチ(16BP)
- しめつける/いびき/みずのはどう/でんげきは/むしくい/ほしがる (4BP)
  けたぐり/シグナルビーム/ギガドレイン/かみなりパンチ/ほのおのパンチ/れいとうパンチ/ドレインパンチ(8BP)
  はたきおとす/いかりのまえば/ダブルチョップ(12BP)
  がむしゃら(16BP)

強化四天王
- カゲツ
-- ズルズキン Lv70
-- バルジーナ Lv70
-- サメハダー Lv70 どくどくのキバ
-- ダーテング Lv70 ねこだまし
-- ゾロアーク Lv70 シャドークロー (アブソルに化けるがレベルで判別可能)
-- メガアブソル Lv72
- フヨウ
-- ジュペッタ Lv71
-- フワライド Lv71
-- シャンデラ Lv71
-- ムウマージ Lv71
-- ヨノワール Lv71
-- メガヤミラミ Lv73 ねこだまし
- プリム
-- ユキノオー Lv72 
-- ユキメノコ Lv72 シャドーボール あられ ふぶき
-- トドゼルガ Lv72
-- バイバニラ Lv72
-- ツンベアー Lv72 かわらわり
-- メガオニゴーリ Lv74 フリーズドライ
- ゲンジ
-- チルタリス Lv73
-- ドラミドロ Lv73
-- フライゴン Lv73 ばくおんぱ
-- オノノクス Lv73 
-- キングドラ Lv73
-- メガボーマンダ Lv75 しねんのずつき
- ダイゴ(肩書はチャンピオンのまま)
-- エアームド Lv77 つばめがえし
-- プテラ Lv77 かみなりのキバ
-- ボスゴドラ Lv77 ストーンエッジ
-- メレシー Lv77
-- ネンドール Lv77
-- メガメタグロス Lv79 しねんのずつき

新規習得技など
- 120番道路トレーナーのノクタスがニードルガードを使ってきた
- 強化ゲンジのフライゴンがばくおんぱを使ってきた

伝説
　全般的にかなりつかまりづらい。ねむり赤ゲージでも全然入らない。
- おぼろのどうくつ　ゼクロム
- 名もなき平原　コバルオン
- 未知の洞窟　エムリット/アグノム
- カイナでたんちきを渡すとうみなりのすず -> シーキンセツでダイビングを使い最深部へいくとルギア

XYとの互換性
- XY混在の通信時は「カロスルール」が適用される、新技・新道具の使用ができなくなる仕様。要はXY互換モード。
-- XYと組んでのマルチハウスは不可能っぽい
-- バトルビデオの互換性もないっぽい(カロスルール適用下の通信対戦はいけるかも)
-- XYとの交換でラティアスナイトは認識している、XYで手に入らないメガストーンも交換可能っぽい
-- XYとの対戦でメガラティアスは普通に見せることができた
-- メガヤドラン・ヤドランナイトは参加不能になった
-- ガリョウテンセイレックウザ、あいいろ持ちカイオーガは「自分が交換できないポケモンを選択しています」
--- できないのはゲンシ2匹とガリョウテンセイレックウザのみか？

その他
- えんとつ山頂上の飲み物の値段が倍になっている、妙なところリアルにしなくていいから！！！！
- アクア団アジト内の自販機は安い
- 群れトレーナー戦あり
- 海底だとボールのモーションが遅くなる？
- 各地のダンジョン入口などに空を飛んで行ける
-- ダンジョン入口どころか全道路・水道に飛べた模様
- 四天王戦闘開始時のカットイン英語表記が「the big four」になってる？
-- 要英語設定で確認。
- でんどういり後、エンディングのハルカがメガバングルをつけている
- エンディングで主人公といっしょに出てくるポケモンはその時の手持ちが反映されるっぽい
  (イーブイ -> シャワーズ一人旅だったのでどこまで反映されるのか不明、フウとランは二匹出ていた)
- 隕石をレックウザが破壊、元ネタはポケダン赤青？
-- このレックウザ、はかいこうせん使えないけど大丈夫かな？
- デオキシス出現前に赤い三角形が画面内を動き回るのは原作のイベント再現か
- シャトレーヌ戦新規BGMあり、エメラルドのブレーン戦アレンジ